Pada hari Selasa, tanggal 29 Maret 2016, bertempat di kampus STPMD “APMD” Yogyakarta telah ditandatangani Kesepakatan Bersama antara STISIP Amal Ilmiah Yapis Wamena dan Sekolah Tinggi Pembangunan Masyarakat Desa “APMD” Yogyakarta.
Kesepakatan bersama ditandatangani oleh Dr. H. Rudihartono Ismail, M.Pd, sebagai Ketua STISIP Amal Ilmiah Yapis Wamena berkedudukan di Jalan Yos Sudarso Wamena dan Habib Muhsin, S.Sos., M.Si, sebagai Ketua Sekolah Tinggi Pembangunan Masyarakat Desa “APMD” Yogyakarta, Yogyakarta disaksikan oleh Ketua 
Yayasan Pengembangan Pendidikan 17 beserta segenap Wakil Pimpinan dan para Pengurus Program Studi dan Kepala P3M STPMD “APMD”. Maksud Kesepakatan Bersama ini adalah untuk melakukan kerjasama dalam Peningkatan dan Pengembangan Perguruan Tinggi melalui Bidang Pendidikan, Penelitian, dan Pengabdian Kepada Masyarakat. Adapun tujuan Kesepakatan Bersama ini adalah untuk melakukan kerjasama secara terpadu, koordinatif, sinergis, dalam mengembangkan sumber daya kampus melalui kegiatan Tri Dharma Perguruan Tinggi. Ruang lingkup Kesepakatan Bersama ini meliputi Bidang Pendidikan, Penelitian, dan Pengabdian Kepada Masyarakat.